Die Faktoren, die die Effizienz der DNA-Synthese bestimmen

Bei der typischen Synthese von DNA, RNA und nicht-natürlichen Nukleinsäuren spielt der Entschützungs- und Kopplungsschritt eine entscheidende Rolle.

Der Entschützungsschritt besteht darin, die DMT-Gruppe am festen Träger oder die 5'-Hydroxylgruppe am vorherigen Nukleosid mit organischer Säure zu entfernen und die Hydroxylgruppe für den folgenden Kopplungsschritt freizulegen.Zur Durchführung des Entschützungsschritts wird meist die 3 %ige Trichloressigsäure in Dichlormethan oder Toluol verwendet.Die Konzentration der Trichloressigsäure und die Entschützungszeit (Entblockungszeit) bestimmen die Reinheit der Endprodukte.Eine niedrige Konzentration und eine unzureichende Entblockungszeit hinterlassen nicht umgesetzte DMT-Gruppen, die die Ausbeute verringern und die unerwünschten Verunreinigungen erhöhen.Die lange Deblockierungszeit kann dazu führen, dass die synthetisierten Sequenzen depuriniert werden und unerwartete Verunreinigungen entstehen.

Der Kopplungsschritt ist empfindlich gegenüber dem Wassergehalt von Lösungsmitteln und der Luftfeuchtigkeit.Die Wasserkonzentration in der Synthese sollte weniger als 40 ppm, besser weniger als 25 ppm betragen.Um den Zustand der wasserfreien Synthese aufrechtzuerhalten, sollte die Synthese der Nukleinsäuren in einer Umgebung mit niedriger Luftfeuchtigkeit durchgeführt werden. Daher empfehlen wir unseren Kunden die Verwendung vonAmidite gelöste Ausrüstung, das das pulverförmige oder ölige Phosphoramidit in wasserfreiem Acetonitril auflösen kann, um den Kontakt mit Luft zu vermeiden.

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Da die Auflösung von Phosphoramiditen in der Nicht-Wasser-Situation besser ist und molekulare Fallen das Spurenwasser in den Reagenzien und Amidit adsorbieren, ist eine Vorbereitung erforderlichMolekulare Fallen.Wir empfehlen 2 g Untersieb für 50-250-ml-Reagenzflaschen, 5 g für 250-500-ml-Reagenzflaschen, 10 g für 500-1000-ml-Reagenzflaschen und 20 g für 1000-2000-ml-Reagenzflaschen.

Das Auflösen von Phosphoramiditen sollte unter einer inerten Atmosphäre erfolgen und der Austausch von Aktivatorreagenzien und Acetonitril sollte rechtzeitig abgeschlossen sein.Die Capping- und Oxidationsreagenzien sollten so schnell wie möglich verwendet werden, da die geöffneten Reagenzien eine kürzere Haltbarkeit und eine geringere Aktivität während der Synthese haben.


Zeitpunkt der Veröffentlichung: 09.08.2022